压力蒸汽灭菌器就是利用湿热杀灭微生物的原理而设计的。杀菌原理是利用重力置换的原理，使蒸汽在灭菌器中从上而下，将冷空气从下排气孔排出，排出的冷空气由饱和蒸汽取代，利用蒸汽释放的潜热使物品达到灭菌。采用湿热灭菌方法的优点在于蒸汽有较强的杀菌作用,它可以使菌体蛋白质含水量增加,使其容易因受热而凝固,加速微生物的死亡过程。
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